参考答案：C

解析：

肽键数等于氨基酸的个数减肽链数，因此肽键数是1000－4＝996个；每形成一个肽键，需要消耗一个氨基和一个羧基，因此形成996个肽键共消耗996个氨基和996个羧基，剩余的氨基数是1020－996＝24，羧基个数是1050－996＝54个，故C正确。

考点：本题主要考查蛋白质的合成过程，意在考查考生能理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系，形成知识的网络结构的能力。