参考答案：C

解析：

根据氨基酸的结构通式可知，这1000个氨基酸分子的R基中的氨基有12个，羧基有10个。由氨基酸数-肽链数＝肽键数可知，2条肽链的蛋白质共有肽键998个。每条肽链的两端各有一个氨基和一个羧基，故两条肽链的氨基数和羧基数为肽链两端的氨基和羧基加上氨基酸R基上的氨基和羧基，即氨基总数为12＋2＝14个，羧基总数为10＋2＝12个。

考点：本题考查蛋白质的有关计算，意在考查学生理解所列知识和其他相关知识之间的联系和区别，并能在较复杂的情境中综合运用其进行分析、判断、推理和评价。