参考答案：线粒体；丙酮酸、水、氧气、还原氢

解析：有氧呼吸的第一阶段在细胞质基质中进行，第二阶段和第三阶段都在线粒体中进行，所以线粒体是有氧呼吸的主要场所，进入该场所的呼吸底物是丙酮酸、水、氧气、还原氢。