参考答案：B

解析：细胞质基质、线粒体基质和叶绿体基质发生的化学反应不同，所以功能不同，因此所含有的化合物也不相同，故B正确。考点：本题考查三种基质的相关知识，意在考查考生理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力。