答案：A

本题的关键词是主句中的时态had been running过去完成进行时；前面的连词by the time到...时为止，通常和完成时连用；如果by the time后面是现在的时候，主句就使用现在完成时；如果by the time后面是过去时间，主句就使用过去完成时。本句后面使用了过去完成时had been，说明前面是一般过去的时间。故A正确。