答案：C

分子、原子、离子是构成物质的三种微粒，金属单质、稀有气体等是由原子直接构成的物质；氯化钠等离子化合物是由阴阳离子构成的化合物；二氧化碳等共价化合物、氢气等气体单质是由分子构成的物质．

A、二氧化碳由二氧化碳分子构成；故A不正确；

B、氢气由氢分子构成；故B不正确；

C、氯化钠晶体由带正电的钠离子和带负电的氯离子构成；故C正确；

D、水银由汞原子直接构成的单质；故D不正确；

故选C．