参考答案：B

解析：试题分析：A．基因突变：DNA分子中发生碱基对的替换、增添和缺失而引起基因结构的改变，改变的是一个基因；错误。B．一条染色体上的DNA分子缺少若干基因，属于染色体结构变异中的缺失；正确。C．基因的自由组合：产生配子时，等位基因分离的同时，非同源染色体上的非等位基因自由组合；错误。D．基因重组：生物体进行有性生殖的过程中控制不同性状的基因的重新组合；错误。