某施工单位承包一运输大巷，巷道长2000m，围岩中等稳定，普氏系数4~6，半圆拱形断面，采用锚喷支护，其中锚杆长度2.0m，每断面布置锚杆11根，施工技术措施要求巷道施工采用光面爆破。 巷道施工2个月后，监理工程师查看了一次施工工序验收记录，认为存在以下问题：
（1）巷道设计掘进断面宽3.8m，而实测的巷道掘进两帮对应测点间的全宽为3.75~4.1m，不符合裸体巷道掘进规格尺寸的允许偏差要求。
（2）有3根锚杆的外露长度超过50mm，锚杆托盘没有紧贴岩面。两项工作均不满足施工单位验收合格的检查要求。该3根锚杆的拧紧扭矩分别被记录为100KN、110KN、120KN，存在问题。
监理工程师要求施工单位进行整改，施工单位按照验收规范的要求逐项纠正错误的做法。 施工单位在后续施工过程中正常完成了各项工作。该巷道验收后，移交时出现先期施工的巷道出现有较大变形，顶板下沉和底板隆起，监理工程师以原来的施工存在质量问题为由要求施工单位无偿进行修复，施工单位要求对该工程修复工作进行费用补偿，双方产生纠纷。
监理工程师关于巷道规格检查的结论存在什么问题？施工单位的做法有何错误？分别说明理由，并给出正确的做法。
