参考答案：C

解析：试题分析：第5号染色体短臂缺失引起的遗传病属于染色体结构的变异，故A不符合题意；第21号染色体多一条引起的先天性愚型属于染色体数目变异，故B不符合题意；同源染色体的非姐妹染色单体交叉互换引起的变异属于基因重组，故C符合题意；利用花药离体培养得到的单倍体植株属于染色体数目变异，故D不符合题意。