答案：B

本题考查的是单质和化合物的概念。根据物质的元素组成和单质与化合物的概念：单质是由同种元素组成的纯净物，化合物是由不同元素组成的纯净物，可以得到本小题的正确答案。

A、单质可以由分子构成，如氧气等，故A错；

B、单质是由同种元素组成的纯净物，化合物是由不同元素组成的纯净物，它们的区别在于是否由同种元素组成，故B正确；

C、两种化合物也能发生化合反应，如二氧化碳和水化合生成碳酸，故C错；

D、这不是单质与化合物的本质区别区别，故D错。故选B