参考答案：C

解析：

鉴定组织中脂肪的颜色反应实验时，也可以不用显微镜，如检测植物油，直接肉眼观察颜色变化，故A错。洋葱鳞片叶外表皮细胞有紫色液泡，会掩盖叶绿体颜色，故B错。设计探究酶的专一性实验时，自变量可设置酶的种类不同。无关变量底物相同；或者底物不同，无关变量酶种类相同，故C正确。调查某遗传病的发病率时，一般应选发病率较高的单基因遗传病，故D错。

考点：本题考查教材实验相关知识，意在考查考生能独立完成“生物知识内容表”所列的生物实验，包括理解实验目的、原理、方法和操作步骤，掌握相关的操作技能，并能将这些实验涉及的方法和技能进行综合运用能力