参考答案：A, B, C, D

解析：

本题考核债权人的代位权。

选项A正确。《合同法》第73条规定，因债务人怠于行使其到期债权，对债权人造成损害的，债权人可以向人民法院请求以自己的名义代位行使债务人的债权，但该债权专属于债务人自身的除外。本案中，甲、乙两公司达成代物清偿协议之后并没有实际履行，因此，甲公司欠乙公司的2000万金钱债务仍然存在。选项A的事由并不能作为丁公司不能对甲公司提起代位权诉讼的抗辩理由。

选项B正确。《协议一》中有仲裁条款，但只能在当事人甲、乙两公司之间产生效力，不能排除当事人之外的第三人丁公司提起诉讼行使代位权。因此，不能作为抗辩理由。

选项C正确。《合同法解释（一）》第13条第1款规定，合同法第七十三条规定的债务人怠于行使其到期债权，对债权人造成损害的，是指债务人不履行其对债务人的到期债务，又不以诉讼方式或者仲裁方式向其债务人主张其享有的具有金钱给付内容的到期债权，致使债权人的到期债权未能实现。

选项D正确。《合同法解释（一）》第21条规定，在代位权诉讼中，债权人行使代位权的请求数额超过债务人所负债务额或者超过次债务人对债务人所负债务额的，对超出部分人民法院不予支持。虽然《协议一》的2000万元数额低于乙公司出资不实的3000万元，但这种抗辩只能针对超过2000万的部分，而不能针对2000万以内的部分。