参考答案：B

解析：

生殖隔离是新物种形成的标志，生物进化的实质是种群基因频率的定向改变A错误。野生物种灭绝后，会使本物种的基因减少，导致基因多样性降低，B正确。一个区域的物种数量增加不一定会导致该区域生态系统的稳定性增强，有些情况还会导致稳定性降低，甚至由于缺少新物种的天敌导致本地有些物种灭绝，C错误。自然选择的实质是选择种群有利的个体，其有利的基因得以保留，但不能决定新基因的产生，D错误。

考点：本题考查生物进化相关知识，意在考查考生识记所列知识点，并能运用所学知识做出合理的判断或得出正确的结论的能力。