参考答案：B

解析：

生物的变异为进化提供原材料，自然选择决定了生物进化的方向，故A错。长期地理隔离，会由于环境不同，自然选择对不同种群基因频率改变所起作用不同，故B正确。基因频率的改变标志着生物进化，不意味着新物种产生，故C错。共同进化是指生物与无机环境之间以及生物和生物之间相互影响、不断进化，故D错。

考点：本题考查生物进化相关知识，意在考查考生能理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系，形成知识的网络结构能力。