参考答案：D

解析：

现代进化理论的核心是达尔文的自然选择学说，A错；超级细菌的出现是因为抗生素的滥用导致对细菌抗性基因的筛选，引起抗性基因频率的提高，B错；人工饲养的斑马与驴交配产下“斑驴兽”，说明斑马和驴能够杂交，但是不能说明不存在生殖隔离，因为生殖隔离是指不能杂交或杂交后不能产生可育后代，“斑驴兽”是不是可育，是判断斑马和驴存在不存在生殖隔离的条件，C错；漫长的共同进化使地球上出现了多种多样的生态系统，D正确。

考点：本题考查生物进化，意在考查考生能理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系，形成知识的网络结构。