参考答案：D

解析：

新物种产生的标志是生殖隔离，故A错；自然选择决定生物进化的方向，故B错；引起基因频率改变的因素有基因突变、迁入和迁出、自然选择等，故C错；长期的地理隔离可能使种群的基因库发生差异，故D正确。

考点：本题主要考查生物的进化，意在考查考生能理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力。