参考答案：C

解析：五百人议事会是公民大会的执行机构；公民大会是最高权力机构；陪审法庭是司法机构，所以当时判处苏格拉底死刑的机关是陪审法庭，C项正确；元老院为国家高级咨询、裁判和监察机关。