参考答案：B, D

解析：

时间对应的是一段过程或者一段时间，时刻对应的是一个瞬间或者某一位置，或者说时间是指时间的长度，在时间轴上对应一段距离，时刻是指时间点，在时间轴上对应的是一个点，在难以区分是时间还是时刻时，可以通过时间轴来进行区分．早6时10分，列车从上海站出发，6时10分指时刻，故A错误列车一共运行了12小时，12小时指时间，故B正确；

列车在9时45分到达南京站，9时45分指时刻，故C错误；

列车在南京站停车10分钟，10分钟指时间，故D正确。