参考答案：A

解析：自然选择能决定生物进化的方向，使种群基因频率发生定向改变，A项正确；不同时期种群基因库的差异主要是自然选择、突变和基因重组造成的，B项错误；种群基因频率发生变化意味着生物进化，而新物种形成的标志是生殖隔离的出现，C项错误；生物变异的方向是不定向的，而生物进化的方向是定向的，故变异的方向不能决定生物进化的方向，D项错误。

考点：本题考查现代生物进化理念的相关知识，意在考查考生能理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系，形成知识的网络结构的能力。