参考答案：

（1）、从审计独立性看。政府审计机构隶属于国务院和各级人民政府领导，因此在独性上视为单位独立，即公独立于被审计单位，但政府审计是政府行为，所以是无偿审计。注册会计师审计表现为双向独立，即独立于审计委托人，又独立于被审计单位，其是由中介机构完成的，属于有偿审计；

（2）、从审计对像看，政府审计的对像主要是各级政府及其部门的财政收支情况及公共资金的收支，运用情况，注册会计师审计对像则包括一切营利及非营利单位；

（3）、从审计监督性质看，政府审计可以根据审计结果发表审计处理意见，如果被审计单位抱不采纳，政府审计部门可以依法执行；注册会计师根据其审计结论发表独立、客观、公正的审计意见，以合理保证审计报告使用人确定已审计的被审计单位会计报表的可靠程度；

（4）、从审计方式看，政府审计是强制审计，注册会计师审计是受托审计；

（5）、从依据审计准则看，注册会计审计依据的是中华人民共和国会计师法和其他法律及行政法规的规定以及独立审计准则来承办审计事项。而政府审计依据的中华人民共和国审计法规定的职责对各级政府及其部门的财政收支，国有金融机构及企业事单位的财务收支，以及国家建设项目，外国贷款项目和各种社会保障基金进行审计监督。