参考答案：A

解析：

本题主要考查学生运用所学知识解决问题的能力。尊重材料是做对历史题目的唯一秘籍。而通过材料并结合所学知识不难发现，明清之际随着资本主义萌芽的出现和发展，儒家的思想也出现了新的变化和发展，．儒家思想又一次活跃起来，所以，明清之际三位进步思想家的思想实质上是儒家思想在新的历史条件下的活跃，当然，新的历史条件指的就是“资本主义萌芽的出现和发展”。

考点：中国传统文化主流思想的演变•明清之际的儒学思想••明清之际三位进步思想家的思想实质