参考答案：D

解析：

基因的碱基对替换会导致基因结构变化，发生基因突变，故A正确。.限制酶可作用于①磷酸二酯键，切割DNA；解旋酶可作用于③碱基对之间的氢键，使DNA解旋，故B正确。PCR技术扩增此基因时需添加原料脱氧核苷酸，引物形成子链，耐高温的DNA聚合酶即Taq酶，故C正确。转录时，模板链⑤与mRNA碱基配对类型有C-G，T-A，A-U共3种类型，故D错。

考点：本题考查遗传分子基础相关知识，意在考查考生能运用所学知识与观点，通过比较、分析与综合等方法对某些生物学问题进行解释、推理，做出合理的判断或得出正确的结论能力。