参考答案：C

解析：

基因是有遗传效应的DNA片段，染色体是基因的主要载体，故A正确；基因在染色体上呈线性排列，故B正确；一条染色体上有许多个基因，但等位基因位于同源染色体中，故C错；色盲基因位于X染色体上，但色盲基因不决定性别，故D正确。

考点：本题主要考查基因与染色体的关系，意在考查考生能理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力。