答案：C

题目分析：有效数字是从左边第一个不是0的数字起，后面所有的数字都是有效数字．

解：有理数0.0050400的有效数字有5、0、4、0、0这5个，故选C.

点评：本题是基础应用题，只需学生熟练掌握有效数字的定义，即可完成.