参考答案：B, E

解析：

选项A：以房地产作抵押，在抵押期间不征收土地增值税；

选项B：以房地产进行投资、联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均应征收土地增值税；选项C：房地产的代建房行为，对于房地产开发公司而言，虽然取得了收入，但没有发生房地产权属的转移，其收入属于劳务收入性质，不属于土地增值税的征税范围；

选项D：一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后分房自用的，暂免征收土地增值税；

选项E：个人之间互换自有居住用房地产的，经当地税务机关核实，可以免征土地增值税，但对企业之间互换房地产的，应征收土地增值税。