参考答案：

（1）对其进行批评教育，有不同意见可以保留，但必须执行科里的安排

（2）认真听取这名科员的意见，分析利害，做好思想工作，实现认识上的统一

（3）健全民主决策程序，鼓励每个人在科室会上大胆发表意见，充分讨论后形成意见，形成后就要认真执行