到底由谁来承担法律责任?(12分)
基本案情:F有限公司,系1996年来华设立的独资企业。1997年10月11日至28日,该公司在执行合同期间,凭其向海关申领的“进口集中报关货物申报单”(以下简称“清单”)报关进口了保税货物塑料粒等一批。经海关下厂核查,该批货物不在厂内且去向不明,公司报关员张某也外出不归至今下落不明,海关遂立案进行调查。
据F公司解释,尽管清单都是公司向海关申领的,清单上所加盖的公司印章的真实性也是无可置疑的,但是该公司根本没有收到上述清单所记载的保税货物,并怀疑是报关员张某盗用公司单证。
经过调查,海关依据《中华人民共和国海关法行政处罚实施细则》第十一条(三)项和第三十一条的规定对F公司科处80万元人民币的罚款,并责令补缴上述短少货物应缴纳的税款。
问题:请就上述案情到底由谁来承担法律责任进行分析,基于哪些事实?