某五星级酒店进行大堂改造装修，业主采取公开招标方式选择施工单位，业主要求投标单位具有装饰设计甲级、施工一级资质，并具有同类工程施工经验。共有A、B、C、D、E、F 6家装饰施工单位报名，经过资格预审，投标单位F因资质证书不符合要求而未通过资格预审。该工程采用综合评标法，业主要求技术标和商务标分别装订报送，评标规定如下：
(1)技术标40分。其中施工方案20分，总工期8分，工程质量6分，项目班子3分，企业信誉3分。技术标各项内容的得分为各评委评分去掉最高分和最低分后的平均数。
(2)商务标60分。以标底的40%与承包商报价算术平均数的60%之和为基准价，但最高或最低报价高于(或低于)次高(或次低)报价的15%者，在计算承包商的算术平均数时不予考虑，且其商务标得分为15分。以基准价为满分(60分)，报价比基准价每下降1%，扣1分，最多扣10分，报价比基准价每增加1%，扣2分，扣分不保底。
(3)技术标与商务标综合得分最高者为中标单位。
通过资格预审的A、B、C、D、E 5家单位在投标截止时间前提交了投标文件，其中E单位将技术标与商务标分别封装，在封口处加盖单位公章和项目经理签字后在投标截止前1天报送招标代理公司，在规定开标前1小时，又递交一份补充材料，修改投标报价，但招标公司有关工作人员以一个投标单位不能提交两份投标文件为由，拒收补充材料。
开标会由市招标办主任主持，市公证处公证人员在开标前对各投标单位的资质进行审查。并对所有投标文件进行审查，确认A、B、C、D投标文件有效，E投标为废标，正式开标。
主持人宣读投标单位名称、投标价格、工期和有关投标文件的重要说明，见表4—16和表4—17。

从背景材料来看，在该项目招标投标程序中存在哪些问题作简要说明。

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