答案：D

题目分析：

选项A、开发和利用太阳能、水能等能源有助于减少和消除污染，故A正确。

选项B、合理利用石油、煤等不可再生资源，对于可持续性发展，生态安全都有重要的意义，故B正确。选项C、工厂“三废”和生活污水处理后再排放，有利于保护水资源，故C正确。选项D、化肥、农药的不合理使用会造成水的污染，农作物中也会残留较多的有害物质，造成食品安全问题，故D错误。故选：D．