参考答案：

①菌种的自发突变或回复突变，引起菌体本身的自我调节和DNA的修复，有的因为完整的修复而恢复为低产菌株原型，有的因为错误的修复而产生新的负突变菌株。

②细胞质中控制产量的质粒脱落或核内DNA和质粒复制不一致，若核内DNA复制的速率超过质粒，经过多次传代繁殖，细胞中将出现不具有对产量起决定作用的质粒，造成菌种退化。

③基因突变是引起菌种退化的根本原因，而移接代数越多，发生突变的概率越高。

④不良的培养和保藏条件，容易诱发菌种基因或表型的改变，或导致质粒脱落，导致菌种退化。