参考答案：

第一个层次（最深刻根源）：利益、价值观念、目标和主张的差异或者对立。

第二个层次（中层原因）：组织结构或制度方面的缺陷，如组织机制或管理层次太过复杂，工作职责边界重叠或不清，工作规章制度不合理。

第三层次（直接导火索）：沟通不畅导致的误解。误会会使本来不存在利益和价值对立的双方发生冲突，或者使可以控制的利益与价值对立演变为冲突。