参考答案：

（1）管理体制上存在的问题：

1.制度上不稳定。

2.制度设置滞后。

3.管理制度的适用范围过于分散

。4.制度保障力度太小。

（2）基金制度上存在的问题：

1.正常管理中的基金流失。

2.农村养老保险机构挤占基金。

3.非法手段造成基金流失。

（3）运行机制中存在的问题：

1.覆盖面不广、共济性差。

2.社会统筹层次范围不统一、缺乏可转移性。

3.资金增值保值难、缺口难测算。

4.农村养老保险的行政管理缺乏应有的指导和监督。

5.监管技术性低，监管不力。