参考答案：

（1）财政包干体制不利于正确处理中央和地方的分配关系，在地方财政增收的同时不能保证中央财政增收，导致中央财政收入占财政总收入的比重不断下降，影响中央宏观调控能力。而且，由于利益固定化，地区之间相互之间自成体系，阻碍了全国统一市场的形成和生产力合理布局，这是与建立社会主义市场经济体制相矛盾的。

（2）由于利益格局固定化，导致财政运行机制发生紊乱现象：擅自减税免税、随意退税、包税，滥摊派、各种集资屡禁不止，财政流失严重。而且，与财政并行参与国民收入分配的部门愈来愈多，大大降低了财政的分配协调职能。

（3）税收制度不规范、不健全，不同经济成分和不同经济形式的企业所得税不统一，内、外资企业流转税制不一致，征管比较混乱。

（4）国家与国有企业利润分配关系没有理顺，企业普遍实行的“包死基数，超收多留”的承包办法，不但制约了财政收入的合理增长，而且不利于企业之间公平竞争。