①选项A中列车行驶的平均速度和所需时间是两种相关联的量，从北京到广州的路程一定，也就是列车行驶的平均速度和所需时间的乘积一定，所以成反比例．

②选项C中的物体的高度和影子的长度是两种相关联的量，同一时刻、同一地点说明影子与物体的比值一定．所以成正比例．

③选项B中一箱苹果，吃去的个数与剩下的个数虽然相关联，但是它们的乘积和比值都不是一定的，所以不成比例关系．

故选：B．