参考答案：

（1）机构设置不同。发行库是各级中国人民银行的重要组成部分，实行垂直领导，它是由中国人民银行根据自身机构情况和各自地区经济发展的需要设立的；业务库则是各家商业银行根据基层行（处、所）对外营业的需要而设立的；

（2）保管的货币性质不同。发行库保管的是发行基金，是待发行的货币；业务库保管的是现金，是已发行的货币。

（3）业务对象不同。发行库的业务对象是各商业银行和其他金融机构；业务库的对象是全社会，是与银行有业务关系的普通客户。

（4）收付款项的起点不同。发行库出入库的金额起点是以千元为单位；而业务库的收付现金则不受金额起点的限制。