(1) 12；D; (2)质子数不同（或核电荷数不同）；(3)NaCl

题目分析：：（1）根据“原子序数=核内质子数=核外电子数=核电荷数”，结合元素在周期表中的位置及有关粒子的结构示意图可知，镁元素的原子序数为12；氯原子的结构示意图为E；

（2）根据元素的概念：具有相同核电荷数（核内质子数）的一类原子的总称；则可知镁元素与氯元素最本质的区别是质子数不同；

（3）C、E两种元素分别为钠元素、氯元素，则可知其组成化合物为氯化钠，其化学式为NaCl．

故答为：（1）12；E；（2）质子数不同；（3）NaCl

点评：了解元素周期表的特点及其应用；核外电子在化学反应中的作用；掌握元素的概念：具有相同核电荷数（核内质子数）的一类原子的总称；了解原子结构示意图与离子结构示意图的特点．