A、XY=3，是乘积一定，不符合正比例的意义，所以X和Y不成正比例；

B、X=3Y，X：Y=3（一定），符合正比例的意义，所以X和Y成正比例；

C、X-Y=3，是差一定，不符合正比例的意义，所以X和Y不成正比例；

故选：B．