参考答案：B

解析：【真题解析】本题考查抵销权及其行使问题：我国《合同法》第99条规定：“当事人互负到期债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的债务抵销，但依照法律规定或者按照合同性质不得抵销的除外。当事人主张抵销的，应当通知对方。通知自到达对方时生效。抵销不得附条件或者附期限。”第100条规定：“当事人互负债务，标的物种类、品质不相同的，经双方协商一致，也可以抵销。”在本题中，甲乙之间的债权均为金钱之债，种类相同。但是，二者在性质上存在差异，甲的债权已过诉讼时效，沦为自然之债，无强制履行性。而乙的债权到期而尚未过诉讼时效，可以通过诉讼得到强制执行。于此场合，可认为二者的债权品质不同。因此，根据上述第100条的规定，甲公司如果主张抵销，须双方协商一致，即须乙公司的同意。而非仅通知乙公司。综上，本题正确答案是B。