参考答案：C

解析：

[考点] 债务人财产的范围

根据《企业破产法》第30条的规定，债务人财产包括两部分：破产申请受理时属于债务人的全部财产，以及破产申请受理后至破产程序终结前债务人取得的财产。本题中，甲公司从乙公司租用的一台设备以及甲公司根据代管协议合法占有的委托人丙公司的两处房产，均不属于甲公司的财产，且其负有返还的义务，故该两项错误。至于甲公司购买的一批尚未支付货款的在途货物，根据《企业破产法》第39条的规定，人民法院受理破产申请时，出卖人已将买卖标的物向作为买受人的债务人发运，债务人尚未收到且未付清全部价款的，出卖人可以取回在运途中的标的物。但是，管理人可以支付全部价款，请求出卖人交付标的物。因此，该类财产是否属于债务人财产不具有确定性，取决于出卖人是否取回以及管理人是否支付全部价款，故A项错误。C选项中的一处厂房虽然被设定了抵押，但抵押权是否实现以及实现的程度都具有不确定性，将其列入破产财产有利于债务人财产的妥善保管以及破产程序的顺利进行。故本题正确选项为C项。