生态系统就是在一定的地域内，生物与环境构成的统一的整体．生物与环境是不可分割的，只有生物不叫生态系统，只有环境也不叫生态系统．其中生物包括植物是生产者，动物是消费者，细菌真菌是分解者．环境是指生物生存的非生物条件．

A、微山湖既包括了微山湖中生物生存的环境，也包括了微山湖里所有的生物．是生物与环境构成的统一整体，因此是生态系统．故A正确．

B、微山湖的所有植物：只包括植物，没有动物和细菌真菌，也没有环境．因此不是生态系统．故B错．

C、微山湖的所有动物：只有动物，没有植物和细菌真菌，也没有环境．因此不是生态系统．故C错．

D、微山湖的所有生物：只有生物，没有环境，把生物与环境分割开了，也不是生态系统．故D错．

故选A