参考答案：该项目招标实施过程中存的问题及理由具体如下：
(1)问题：自筹资金正在筹措时，进行招标。
理由：根据《工程建设项目施工招标投标办法》第八条规定，工程建设项目施工招标应有相应资金或资金来源已经落实。本案例中，自筹资金正在筹措，建设项目资金尚未落实，应该在资金来源落实后才能实施招标。
(2)问题：区建设局根据有关文件要求，指定某招标代理公司实施这一项目。
理由：招标人应该根据情况自行实施或委托与行政机构无相关关系的招标代理机构进行招标，任何人、任何组织不得以任何方式指定招标代理机构。
(3)问题：招标文件发售时间不足5个工作日。
理由：《招标投标法实施条例》第十六条规定，资格预审文件或者招标文件的发售期不得少于5日。本案例中，2012年9月30日至2012年10月5日的8:00～17:00发售招标文件，但是10月1日、2日和3日为法定节假日，除去法定节假日，招标文件的发售时间不足5个工作日。
(4)问题：要求投标人自行核算工程量。
理由：项目的工程量应该由招标人给出，以确保投标的公平性，要求投标人自行核算工程量，将导致投标竞争的初始性的不公平。
(5)问题：要求投标人应在投标文件中承诺，一旦中标，必须使用本市第一水泥厂生产的水泥。
理由：《招标投标法》第二十规定，招标文件不得要求或者标明特定的生产供应者以及含有倾向或者排斥潜在投标人的其他内容。
(6)采取随时购买、随时踏勘的方式，随机指派校内管理人员或技术人员带领进行现场踏勘，并口头回答了有关问题。
理由：招标人不得单独或者分别组织任何一个投标人进行现场踏勘，并且相关问题均应以书面的形式送达所有的潜在投标人。