参考答案：A

解析：选项B，对于超过贷款期限的利息部分和加罚的利息不允许在计算增值额时扣除。选项C，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业；就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。选项D，房地产开发企业逾期开发土地缴纳的土地闲置费不得扣除。