A、一个湖泊中的浮游生物和所有分解者，只包括了生物部分，没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，故不符合题意．

B、烧杯中的取自池塘的水，泥土和浮游生物，即包括生物部分，也包括非生物部分，符合生态系统的概念，故符合题意．

C、一个池塘中的所有水蚤和分解者，只包括了生物部分的部分生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，故不符合题意．

D、一个鱼缸中的所有金鱼和水草，只包括了生物部分的部分动物和部分植物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

故选B