A、地球上的全部生物，只有生物部分，没有非生物部分，不符合生态系统的概念，不符合题意．

B、森林中的全部动物，只有生物部分中的动物，没有其它生物和非生物部分，不符合生态系统的概念，不符合题意．

C、一条河流，既包括了河流所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，符合题意．

D、一块农田的全部农作物，只有生物部分的部分植物，没有其它生物和非生物部分，不符合生态系统的概念，不符合题意．

故选：C