答：根据生态系统的概念可以判断：

A、B中的一片小池塘或一条小河二者不仅包含了生物部分，还具备了水、空气、温度等非生物因素；因此属于生态系统．

C、生物圈是由生物部分和非生物部分组成的具有一定结构功能的统一体，还是最大的生态系统．

D、一群羊和一群马，仅是生物中的部分生物，且没有非生物因素，因此不属于生态系统．

故选：D．