A、一块菜地，既包括了菜地所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，不符合题意．

B、一个湖泊，既包括了湖泊所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，不符合题意．

C、生物圈，是地球上所有的生物与其环境构成的一个统一的整体，是最大的生态系统，不符合题意．

D、太平洋中的鲨鱼，只包括了生物部分的部分动物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，符合题意．

故选：D