A、池塘中的所有生物，只包括了生物部分，没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

B、草原上的羊，只包括了生物部分，没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

C、清源山，既包括了这座山上的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，符合题意．

D、晋江中的鱼，只包括了生物部分，没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

故选：C．