A、一棵树，只是生物部分的植物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

B、一块农田，既包括了农田所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，符合题意．

C、草丛中的一条蛇，只是生物部分的动物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

D、一个湖泊中的所有鱼，只是生物部分的动物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

故选：B