A、一片草原：既包括了草原这个环境，也包括了草原中所有的生物，是生物与环境所形成的统一整体．符合生态系统的概念，是一个生态系统．

B、一个湖泊：既包括了湖泊这个环境，也包括了湖泊中所有的生物，是生物与环境所形成的统一整体．符合生态系统的概念，是一个生态系统．

C、一块农田：既包括了农田这个环境，也包括了农田中所有的生物，是生物与环境所形成的统一整体．符合生态系统的概念，是一个生态系统．

D、一棵树：只包括了生物部分中的部分生物，无其他生物，也无环境部分，不是生物与环境所形成的统一整体．不符合生态系统的概念，不是一个生态系统．符合题意．

故选：D