生物群落与生态系统的概念不同．生物群落是指生活在一定的自然区域内，相互之间具有直接或间接关系的各种生物的总和．而生态系统不仅包括生物群落还包括群落所处的非生物环境．因此生物群落只相当于生态系统中的生物部分．

A、江山江郎山上的赤丹岩是非生物，属于非生物部分，不符合生物群落的概念，不符合题意．

B、衢州烂柯山中所有松树，只是生物部分的部分植物，不是一定的自然区域内各种生物的总和，不符合生物群落的概念，不符合题意．

C、开化古田山所有生物，是开化古田山这个自然区域内各种生物的总和．符合生物群落的概念，符合题意．

D、龙游石窟中所有微生物，只是生物部分的微生物，不是一定的自然区域内各种生物的总和，不符合生物群落的概念，不符合题意．

故选：C